Tiukoista muotoiluohjeista huolimatta Japanissa on kehitetty monenlaisia bonsaityylejä. Esimerkkejä tyyleistä:

Yksittäiset yksirunkoiset puut

• CHOKKAN Suora runko, ylöspäin kasvava puu, jolla on oksa vuorotellen, rungon molemmin puolin. Oksat pienenevät tasaisesti latvaa kohti. Muodostaa pyramidin.
• MOYÔGI Kierteinen runko, ylöspäin kasvava puu. Oksat pienenevät tasaisesti latvaa kohti.
• SHAKAN Vinossa kasvava puu. Oksat tasapainottavat puuta siten, että suurimmat oksat kasvavat kallistumasta poispäin.
• HAN-KENGAI Runko kasvaa horisontaalisti ja oksat kasvavat yläspäin. (Puolittainen vesiputous)
• KENGAI Runko kasvaa alaspäin. Oksia kasvaa vertikaalisti, mutta suuri osa horisontaalista. (Vesiputous)
• FUKINAGASHI Tuulen taivuttama puu. Kaikki oksat taipuvat puun samalle puolelle, jonne latvakin taipuu.
• HÔKIDACHI Suora runko, ylöspäin kasvava puu, jonka latvus on muotoiltu lähes palloksi.
• BUNJINGI Pitkä hieman vino runko. Oksia vasta aivan latvan yläosassa.
• ISHITZUKI Komeat ilmajuuret omistava puu, joka kasvaa esimerkiksi kiven päällä.
• NEAGARI Komeat ilmajuuret omistava puu.

Yksittäiset monirunkoiset puut

• SOKAN Yksinkertaisin muoto. Kaksi runkoa. Paksumpi runko on 'isä' ja ohuempi 'poika'.
• SANKAN Kolme runkoa. Kaksi paksumpaa 'äiti' ja 'isä' sekä 'poika'.
• GOKAN Viisi runkoa.
• KADUSHI Useita runkoja, joissa useita haaroja. Rungot kasvavat selvästi samasta juuresta. Runkoja mielellään pariton määrä.
• IKADA BUKI Useita runkoja, joissa useita haaroja. Rungot kasvavat yhdestä ja samasta rungosta, joka on haudattu juuri pinnan alle. Jokainen runko näyttää omalta puulta, vaikka tosiasiassa ne ovatkin vain haudatun puun oksia.
• NETSUNARI Useita mutkikkaita runkoja. Rungot yhdestä ja samasta juuresta, mutta näyttävät olevan vain lähekkäin istutettuja puita.

Useamman puun ryhmät; metsät

• YOSE YO Kaksi tai useampi puuta. Mielellään pariton määrä. Puiden on hyvä olla eri-ikäisia ja kokoisia, mutta samaa lajia. Sopivia tyylejä puille ovat Hokidachi, Fukinagashi, Bunjinki ja Ishitsuki.